מדרשת בית שמש הוקמה בשנת 2000 כמרכז זהות ומורשת העיר בית שמש במסגרת החינוך הפורמאלי והבלתי פורמאלי בעיר. המדרשה פיתחה מגוון תוכניות לתלמידים, לנוער ולקהילה הרחבה.
להיות משאב אזורי לקדום ההעמקה והחיבור לעם ישראל וארץ ישראל בקרב תושבי העיר, תוך התמקדות בלמידה והפעלת תוכניות חינוכיות/חברתיות.
צוות המדרשה מורכב מאנשי חינוך ומקצוע הרואים כמטרה להעמיק את ערכי הזהות והמורשת בעיר. העבודה מתבצעת תוך שיתוף פעולה בין צוות המתנדבים לצוות הקבוע של המדרשה, מתוך כבוד והערכה הדדיים.
מדרשת בית שמש החלה לפעול בקרב מוסדות חינוך בעיר בשנת 2000, וכיום המדרשה, על מגוון תוכניותיה, נוכחת ברוב בתי הספר בעיר – יסודי, חטיבת ביניים, תיכון וחינוך מיוחד. מדרשת בית שמש פועלת להעשרת חינוך ילדי העיר, בעזרה לקליטת עליה, בתמיכה בתלמידים בסיכון ובחיזוק הזיקה למורשת האזור. תוכניות המדרשה מגיעות לכ-אלף תלמידים מידי שנה ותורמות מאות שעות פעילות בשבוע למערכת החינוך והרווחה, תרומה משמעותית המוערכת על ידי תלמידים, מורים ומנהלים. תוכניות המדרשה מופעלות בעיקר על ידי מתנדבים צעירים מלאי חום ומסירות, המהווים דוגמא אישית לילדי העיר ברצון העז שלהם לתרום לטובת העם והארץ.
מדרשת בית שמש שוכנת בסמוך לבנין היסטורי, בית הכנסת "שערי תפילה", בית הכנסת הראשון בעיר שנבנה ע"י עולי רומניה. מקימי בית הכנסת היו בעלי משפחות ששרדו את השואה, ואת ה"מקדש מעט" הקדישו לקרוביהם שנספו. מדרשת בית שמש וקהילת שערי תפילה החליטו לשתף פעולה כדי לחזק את הקהילה ולתת מקום קבוע לפעילות המדרשה. מדרשת בית שמש שיקמה את בניין בית הכנסת, תוך שימור על העיצוב והריהוט המקורי ואף הוסיפה "מיני תערוכה" של תמונות ואוסף פריטים על תחילת התיישבות בעיר.
בעבר שימש הבנין את מדרשת בית שמש כבסיס לפעילויות וכיום משמש כחלק ממרכז מבקרים למשלחות מהארץ ומחו"ל ולקבוצות תלמידים בסיורם בעיר. הקהילה ממשיכה להתפלל בבית הכנסת בשבתות ובחגים באופן קבוע.
מבנה המדרשה החדש ,הוקם בסמוך לבית הכנסת .המבנה מהווה חלק ממרכז המבקרים לתולדות הישוב ומוקד פעילות למבקרים במגוון גילאים הכולל: מרכז מבקרים עם תערוכה וסרט על הקמת העיר .
חדרי בריחה ופעילויות אינטראקטיביות.
